医疗卫生机构属企业所得税法规定的事业单位、社会团体以及其他取得收入的组织，属于企业所得税纳税义务人。不管被划分为公立、私立、国有、集体、民营、营利性、非营利性等，都必须按税法规定向主管税务机关进行企业所得税纳税申报。本文结合相关税收规定，解读医疗卫生机构企业所得税政策。
税收文件
企业所得税法及其实施条例
《财政部、国家税务总局关于财政性资金、行政事业性收费、政府性基金有关企业所得税政策问题的通知》（财税〔2008〕151号）
《财政部、国家税务总局关于非营利组织企业所得税免税收入问题的通知》（财税〔2009〕122号）
《财政部、国家税务总局关于非营利组织免税资格认定管理有关问题的通知》（财税〔2014〕13号）
优惠规定
不征税收入
企业所得税法及其实施条例——收入总额中的下列收入为不征税收入：财政拨款；依法收取并纳入财政管理的行政事业性收费、政府性基金；国务院规定的其他不征税收入。财政拨款，指各级人民政府对纳入预算管理的事业单位、社会团体等组织拨付的财政资金；行政事业性收费，指依照法律法规等有关规定，按照国务院规定程序批准，在实施社会公共管理，以及在向公民、法人或者其他组织提供特定公共服务过程中，向特定对象收取并纳入财政管理的费用。
财税〔2008〕151号——纳入预算管理的事业单位、社会团体等组织按照核定的预算和经费报领关系收到的由财政部门或上级单位拨入的财政补助收入，准予作为不征税收入，在计算应纳税所得额时从收入总额中减除，但国务院及财政、税务主管部门另有规定的除外。对企业依照法律、法规及国务院有关规定收取并上缴财政的政府性基金和行政事业性收费，准予作为不征税收入，于上缴财政的当年在计算应纳税所得额时从收入总额中减除；未上缴财政的部分，不得从收入总额中减除。对企业取得的由国务院财政、税务主管部门规定专项用途并经国务院批准的财政性资金，准予作为不征税收入，在计算应纳税所得额时从收入总额中减除。
免税收入
企业所得税法——符合条件的非营利组织的收入，为免税收入。
财税〔2009〕122号——非营利组织的下列收入为免税收入：接受其他单位或者个人捐赠的收入；除企业所得税法第七条规定的财政拨款以外的其他政府补助收入，但不包括因政府购买服务取得的收入；按照省级以上民政、财政部门规定收取的会费；不征税收入和免税收入孳生的银行存款利息收入；财政部、国家税务总局规定的其他收入。
风险提示
非营利组织免税资格认定
财税〔2014〕13号——依据本通知认定的符合条件的非营利组织，必须同时满足“依照国家有关法律法规设立或登记的事业单位、社会团体、基金会、民办非企业单位、宗教活动场所以及财政部、国家税务总局认定的其他组织”、“从事公益性或者非营利性活动”等9个条件。
办理税务登记
财税〔2014〕13号——非营利组织必须按照税收征管法及其实施细则等有关规定，办理税务登记，按期进行纳税申报。
免税资格申请
财税〔2014〕13号——经省级（含省级）以上登记管理机关批准设立或登记的非营利组织，凡符合规定条件的，应向其所在地省级税务主管机关提出免税资格申请，并提供本通知规定的相关材料；经市（地）级或县级登记管理机关批准设立或登记的非营利组织，凡符合规定条件的，分别向其所在地市（地）级或县级税务主管机关提出免税资格申请，并提供本通知规定的相关材料。
——非营利组织免税优惠资格的有效期为5年。非营利组织应在期满前3个月内提出复审申请，不提出复审申请或复审不合格的，其享受免税优惠的资格到期自动失效。非营利组织免税资格复审，按照初次申请免税优惠资格的规定办理。
——取得免税资格的非营利组织应按照规定向主管税务机关办理免税手续，免税条件发生变化的，应当自发生变化之日起15日内向主管税务机关报告；不再符合免税条件的，应当依法履行纳税义务；未依法纳税的，主管税务机关应当予以追缴。
——申请享受免税资格的非营利组织，需报送以下材料：申请报告；事业单位、社会团体、基金会、民办非企业单位的组织章程或宗教活动场所的管理制度；税务登记证复印件；非营利组织登记证复印件；申请前年度的资金来源及使用情况、公益活动和非营利活动的明细情况；具有资质的中介机构鉴证的申请前会计年度的财务报表和审计报告；登记管理机关出具的事业单位、社会团体、基金会、民办非企业单位申请前年度的年度检查结论；财政、税务部门要求提供的其他材料。
单独核算
企业所得税法实施条例——企业的不征税收入用于支出所形成的费用或者财产，不得扣除或者计算对应的折旧、摊销扣除。医疗卫生机构取得的财政拨款、财政性资金、专项用途财政性资金等不征税收入应单独核算，其相关支出应与正常经营支出加以区分。